Dès l'adolescence, Yaphet Frederik Kotto étudie le théâtre commencer sa carrière professionnelle à l'âge de 19 ans. En effet, il joue alors dans la pièce Othello ou le Maure de Venise. Yaphet intègre la prestigieuse école d'Arts Dramatiques de l'Actors Studio, ce qui le mène jusqu'à Broadway.  Il joue dans différentes pièces dont L'Insurgé.
Yaphet commence à faire parler de lui en 1973, lorsqu'il décroche le rôle du premier méchant noir dans le huitième opus de James Bond. Il interprète alors Mr Grobonnet dans Vivre ou laisser mourir, de Guy Hamilton. Il faut attendre toutefois la sortie du film Alien, le huitième passager, pour que le nom de Yaphet Kotto soit sur toutes les bouches. Cette science-fiction horrifique de Ridley Scott sort dans les salles obscures en 1979. Il s'agit du premier opus de la saga. Yaphet Kotto incarne l'ingénieur J.T. Parker.
Ce succès lui permet de donner la réplique à de grandes stars telles que Robert Redford dans Brubaker, de Stuart Rosenberg, en 1980.
Il enchaîne ensuite des rôles dans des séries B d'actions durant les années 80 et 90. Plus discret désormais, ce n'est qu'en 1993 qu'il obtient un rôle récurrent pour trois ans dans la série de Paul Attanasio : Homicide.
Côté privé, l'acteur se marie trois fois. D'abord avec Rita Ingrid Dittman (1962-1975). Ils ont trois enfants ensemble. Il épouse ensuite Antoinette Pettyjohn (1975 - 1989). De cette union naissent également trois autres enfants. Enfin il est marié avec Tessie Sinahon de 1998 jusqu'à sa mort en mars 2021.
Les raisons de sa mort sont inconnues.

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